ينحدر إبراهيم أحمد عمر من قبيلة الجعليين فرع العمراب نهر النيل، لكن جده هاجر لأم درمان.. وقد ولد والده في أم درمان وكذلك والدته.. وولد إبراهيم في منزل الأسرة بالركابية ثم انتقل لاحقا إلى البيت الذي يسكنه حاليا بحي ود نوباوي.

درس إبراهيم في مدرسة الهجرة الأولية بأم درمان ثم مدرسة أم درمان الأميرية الوسطى ثم مدرسة وادي سيدنا الثانوية.. ودرس في جامعة الخرطوم كلية العلوم قسم الرياضيات، حيث نال بكالوريوس العلوم في الرياضيات والفيزياء من كلية العلوم بجامعة الخرطوم، لكنه سجل بعد تخرجه لدراسة الفلسفة والمنطق في كلية الآداب جامعة الخرطوم ونال بكالوريوس الآداب في الفلسفة والعلوم السياسية من كلية الآداب بجامعة الخرطوم.

وابتعثته جامعة الخرطوم التي عمل معيدا بها للدراسة في جامعة كمبيردج في بريطانيا، حيث حصل على دكتوراه في فلسفة العلوم من جامعة كيمبردج وعاد ليعمل أستاذا للفلسفة بجامعة الخرطوم ونشر أثناء ذلك الكثير من البحوث والدراسات والكتب وأوراقا عديدة في فلسفة العلوم نشرت في مجلات متخصصة في الولايات المتحدة وألمانيا وبريطانيا.

وأما كتبه في الفلسفة فتناولت فلسفة التنمية، ونظرية المعرفة والبحث العلمي والتنمية. وأثناء تدريسه بالجامعة تولى منصب رئيس قسم الفلسفة بكلية الآداب جامعة الخرطوم. كما تولى رئيس قسم الدراسات الإسلامية بكلية الآداب بجامعة الخرطوم. ثم عمل رئيسا للمجلس القومي للتعليم العالي والبحث العلمي.