محمد عمارة يقول أن من نسبوا العلمانية للكواكبي استدلوا بـ 7 أدلة من مؤلفاته “طبائع الاستبداد” و”أم القرى ” بالاضافة لرسائل أخرى نشرت في صحف ومجلات .. وقد ردّ الدكتور على هذه الأدلة …وذكر أن أصل التهم كتاب لـ “جان داية” حاول فيه تحسين صورة العلمانية بنسب الكواكبي لها ..إلى درجة أنه نسب نصوصا للكواكبي لكن القارئ الفطن يدرك أن القائل شخص درس في مدرسة مسيحية وليس الكواكبي خريج المدرسة الكواكبية الإسلامية ، وصحيح أن الكواكبي ينبذ العثمانيين لأنه يرغب في دولة إسلامية حاكمها سلطان من العرب القرشيين وليس حاكما تركيا… لكن هذا لا يعني أنه علماني .. بل هو مصلح اسلامي غيور على عروبته
ذكر محمد عمارة أن الكواكبي كان ينبذ الغرب (وجدت عكس هذا الكلام في الكتاب فقد كان يمجد الغرب بطريقة مبالغ فيها
وذكر أنه مصلح اسلامي يرجع إلى المنابع الجوهرية للدين .
وان انتقاد محمد عمارة للعثمانيين يدل على أن الدفاع عن الكواكبي يحمل بعض الذاتية .. فالسلاطين العثمانيون مختلفون اختلاف الحكام في كل زمان ومكان ،منهم الكفء ومنهم الرويبضة.