ولد جمال الدین سنة 1839م / 1254 هـ وهناك خلاف في محل ولادته قيل أنه ولد في “أسد آباد (إيران)” و قيل أنه ولد في أسد آباد (أفغانستان) وهو ما تؤكده أسرة الأفغاني نفسه والدراسات الأكاديمية ، ووالده السيد صفتر من السادة الحسينية، ويرتقي نسبه إلى علي زين ا...
وقد تربى دينياً ليكون مسلماً صوفياً، ولكن عُرف كونه من المسلمين الأصولين، متوافقاً مع الأفكار السائدة التي تقف حاجزاً أمام سلطة الفكرة والشخص أمام الجماهير، المنحازة للعاطفة الدينية. وقد حدث خلاف شديد بين الكثير من المؤرخين والكتاب حول الدولة التي ينتمى إليها جمال الدين الأفغاني، وأوثقها انتمائه “للأفغان” وهو ما اثبته محمد عمارة بالعديد من الاثباتات ونفيه للإدعاء القائل بشيعية جمال الدين الأفغاني.