كان الإمام محمد مصطفى المراغي يناضل في سبيل إصلاح مناهج الأزهر ، وتحديد أهدافه بين تيارات متضاربة عنيفة من ملك مستبد، وأحزاب متناحرة، واحتلال أجنبي يفرض سلطانه، ولكنه على الرغم من هذا كله مضى في طريقه يقتحم العقبات ويخوض الشدائد، واضعًا استقالته في يده، يلوح بها أو يقدمها في الوقت المناسب.
قال عنه الشيخ الإمام عبد الحليم محمود: عالم ذكي، ذو شخصية خارقة، مهيب، صاحب رأي في العلم والسياسة، بليغ الأسلوب.وكان الجميع يقدرونه، فالإنجليز تعاملوا معه في السودان، ونزلوا على رأيه في بعض المواقف الهامة، والملك فاروق كان كثيرًا ما يستمع إليه ويحضر مجالسه العلمية في شهر رمضان ويأمر بإذاعتها، وينصره أحيانًا على بعض الأحزاب المناوئة له، والأحزاب تعرف له مكانته، ومن عاداه من رجال السياسة عرفوا له مكانته، وبخاصة بعد وفاته، وكان الإمام جريئًا في قول الحق وإن أغضب ذوي السلطان.
ولقد كتب حاكم السودان -أيام كان الشيخ الإمام المراغي فيه- إلى وزارة الخارجية الإنجليزية قائلا: إن الشيخ المراغي يُعدُّ من دهاة العالم.
وفي خلال ثورة سنة 1919م وكان الشيخ الإمام المراغي بالسودان كتبت صحيفة (التايمز) وهي صحيفة بريطانية مشهورة: أبعدوا هذا الرجل، فإنه أخطر على بلادنا وحياتنا من ويلات الحرب.